Le VIH photographié et mis à nu par le Blue Waters
28 mai 2013- Des physiciens de l'Université de l'Illinois en collaboration avec des chercheurs de l'University of Pittsburgh School of Medicine ont utilisé le Blue Waters pour identifier la structure chimique précise de la capside du VIH ( le bouclier de protéines qui protège l'ARN du virus) et simuler comment la capside se comporte dans les situations organiques.
"Il aurait été très difficile d'effectuer une simulation de cette taille sans la puissance du super ordinateur Blue Waters accéléré par les GPU", a déclaré Klaus Schulten, Professeur de physique à l'Université de l'Illinois. "Nous avons commencé à utiliser les GPU il y a plus de cinq ans et ils ont accéléré fortement le rythme de notre recherche."
Pour remplir efficacement sa fonction, la capside doit être suffisamment stable pour protéger l'ARN contenu à l'intérieur alors que le virus se trouve en dehors d'une cellule, mais aussi suffisamment malléable pour s'ouvrir lorsque le virus infecte une cellule et doit s'intégrer dans la cellule hôte.
Depuis quelques années déjà, des médicaments pour attaquer la capside sont testés, faisant en sorte de la rendre "hyper-stable", de sorte qu'elle ne soit pas en mesure de libérer le matériel génétique viral ou moins stable, afin de détruire l'ARN dans qu'il contient.
La connaissance détaillée des plus de 1300 protéines qui forment la structure chimique de ce "logement" permettra de mieux comprendre comment les médicaments interagissent avec cette partie essentielle du VIH.
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